Havnen

Anlæggelsen af den nye havn ved udmundingen af Køge Å blev påbegyndt i 1411. Indtil da havde byens havn ligget ved Fændediget.
Man startede med at bygge et bolværk på nordsiden af åløbet samt stenkastninger på begge sider af åmundingen og lidt ud fra kysten. I 1430 blev der nedsænket brokar på stranden; det vil sige, man forlængede åmundingen med en mole, der bestod af trækasser fyldte med sten.
I midten af 1400-tallet var den nye havn en af landets bedste og den havde stor betydning for den opblomstring, som Køge oplevede i de følgende ca. 150 år.

Men havnen var vanskelig at besejle og sandede ofte til ved stormvejr, så da nedgangstiderne satte ind fra 1600-tallet og pengene blev små, var det ikke længere muligt at opretholde havnens standard og dermed få del i den fragt, der fandt sted med stadig større skibe. 
Fra 1690 til ca. 1800 var havnen næsten ude af drift efter tilsanding og manglende vedligeholdelse.

1800 tallet

I midten af 1800-tallet blomstrede havnen op igen, grundet den fantastiske økonomiske vækst Danmark oplevede på dette tidspunkt. Der anløb årligt 400-500 skibe. 
En rejsende fortæller i 1852 bl.a.: ”Vi nærmede os nu havnen ad en vel brolagt kørevej, og her fik jeg først øjnene rigtigt op for det opsving byen havde taget den sidste snes år. Ved de vel vedligeholdte bolværker og slæbesteder lå skib på skib, og den store havneplads lå fuldt af tømmer, sten og andre varer. Liv og virksomhed viste sig overalt, og her udføres nu imellem 100.000-120.000 tønder sæd årligt. En toldkammerbygning er opført til stor bekvemmelighed for skipperne og de handlende”. 
I 1862 foregik en tredjedel af transporten med fremmede skibe. 

I dag

I dag er Køge Havn en del af Skandinavisk Transport Center, der er Sjællands største sammenhængende erhvervs- og transportområde. Målt på både godsomsætning og anløb er Køge Havn en af landets større havne og omsætter ca. 2 mill. tons gods om året

I 2002 blev Køge færgehavn med en godsfærge mellem Køge og Rønne. To år senere blev ruten ændret til en passager- og godsfærge, der afløste den tidligere passagerfærge fra København til Rønne. Den flotte nye terminal til Bornholmsfærgen ligger ca. 500 meter fra Køge Station og der går bus mellem færgeterminalen og stationen, hvorfra der med S-toget er direkte forbindelse til København. Med omkring 100.000 passagerer hvert år, er der livlig trafik i færgehavnen.
Køge Havn er også kendt for den hyggelige atrmosfære på havnepladsen og  en række gode spisesteder, og skal man i byen for at more sig, er der også et par spillesteder med nat åbent.
I Mini-Byens havns østlige ende blev der i 2003 anlagt et biologisk rensningsanlæg, bestående af polyethylenerør, hvori der er plantet forskellige vand- og sumpplanter bl.a. almindelig tagrør, pindsvineknop, sværdlilje og skeblad, der skulle være i stand til at optage en del næringsstoffer og dermed holde algedannelsen på et acceptabelt niveau.

I Mini-Byens havn ligger der fortøjet skibsmodeller fra tiden omkring 1865, som alle er bygget af Mini-Byens skibsbyggere.